Trải qua nhiều thời kỳ lịch sử, chức năng của ngôi miếu này cũng có sự thay đổi, biến chuyển. Năm 1946 ngôi miếu bị sập, sau đó được xây lại làm nơi thờ Mẫu của đạo Thiên Tiên Thánh Giáo. Hiện nay, dấu vết của miếu Long thuyền cũ chỉ còn dưới lòng đất. Công trình hiện hữu là Hoà Nam Tự vốn là thờ Mẫu, nhưng cũng ở trong tình trạng hoang phế.

Dự án đầu tư Tu bổ, tôn tạo cảnh quan Miếu Long Thuyền được triển khai sẽ phục hồi miếu Long Thuyền với kiểu thức phù hợp, trả lại công năng ban đầu của công trình là thờ Thủy thần. Công tác tu bổ tôn tạo cảnh quan, môi trường xung quanh của công trình cũng được đặt ra như một nhiệm vụ trọng tâm nhằm tôn tạo và phát huy giá trị của khu vực không gian Kỳ đài – Phu Văn Lâu – Nghinh Lương đình, khu vực cảnh quan quan trọng bậc nhất của Kinh thành Huế.    

   Miếu Long Thuyền là một di tích nhỏ, nằm bên trái cửa Quảng Đức, trước mặt Nam Kinh Thành Huế. Miếu được xem là nơi thờ phụng Thủy thần - vị thần linh bảo vệ cho các đội lính Long Thuyền có nhiệm vụ chuyên coi giữ thuyền vua, hoặc chèo thuyền cho vua.