Mục tiêu của Đề án nhằm hoàn thiện thể chế kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, tạo lập hệ thống đòn bẩy khuyến khích hợp lý, ổn định và dài hạn, nhất là ưu đãi về thuế và các biện pháp khuyến khích đầu tư khác, thúc đẩy phân bố và sử dụng nguồn lực xã hội chủ yếu theo cơ chế thị trường vào các ngành, sản phẩm có lợi thế cạnh tranh, nâng cao năng suất lao động, năng suất các yếu tố tổng hợp và năng lực cạnh tranh.
Bên cạnh đó, hình thành và phát triển cơ cấu kinh tế hợp lý trên cơ sở cải thiện, nâng cấp trình độ phát triển các ngành, lĩnh vực, vùng kinh tế;  phát triển các ngành, lĩnh vực sử dụng công nghệ cao, tạo ra giá trị gia tăng cao từng bước thay thế các ngành công nghệ thấp, giá trị gia tăng thấp để trở thành các ngành kinh tế chủ lực.
Thực hiện chính sách tiền tệ thận trọng, hiệu quả
Về định hướng tái cơ cấu một số lĩnh vực chủ yếu, Quyết định nêu rõ, duy trì môi trường kinh tế vĩ mô thuận lợi, ổn định, trong đó, thực hiện chính sách tiền tệ thận trọng, hiệu quả; sử dụng linh hoạt, hiệu quả các công cụ của chính sách tiền tệ; gắn kết chặt chẽ, đồng bộ với chính sách tài khóa nhằm bảo đảm thực hiện mục tiêu kiềm chế lạm phát, ổn định vĩ mô và bảo đảm tăng trưởng hợp lý,  phù hợp với đặc điểm, điều kiện kinh tế - xã hội đất nước trong từng thời kỳ.
Bên cạnh đó, thực hiện chính sách tài khóa chặt chẽ, hiệu quả, triệt để tiết kiệm. Đẩy mạnh xuất khẩu, kiểm soát chặt chẽ các mặt hàng nhập khẩu không khuyến khích, các mặt hàng trong nước đã sản xuất được. Đẩy mạnh phát triển công nghiệp hỗ trợ, công nghiệp sản xuất hàng tiêu dùng trong nước.
Đồng thời, tăng cường kiểm soát giá cả, thị trường; bảo đảm cân đối cung cầu các mặt hàng thiết yếu. Thực hiện nhất quán chủ trương quản lý giá theo cơ chế có sự điều tiết của Nhà nước đối với điện, than, xăng dầu, dịch vụ công theo lộ trình với mức độ và thời gian điều chỉnh phù hợp bảo đảm mục tiêu kiểm soát lạm phát.
Đổi mới cơ chế phân bố và quản lý sử dụng vốn
Về tái cơ cấu đầu tư, trọng tâm là đầu tư công, sẽ huy động hợp lý các nguồn lực cho đầu tư phát triển, bảo đảm tổng đầu tư xã hội khoảng 30 - 35% GDP, duy trì ở mức hợp lý các cân đối lớn của nền kinh tế như: tiết kiệm, đầu tư và tiêu dùng, ngân sách nhà nước, cán cân thương mại, cán cân thanh toán quốc tế, nợ công và nợ nước ngoài quốc gia,...
Duy trì tỷ trọng đầu tư nhà nước hợp lý, khoảng 35 - 40% tổng đầu tư xã hội; dành khoảng 20 - 25% tổng chi ngân sách cho đầu tư phát triển. Đổi mới cơ chế phân bố và quản lý sử dụng vốn, khắc phục tình trạng đầu tư dàn trải, phân tán và lãng phí, nâng cao hiệu quả đầu tư nhà nước.
Mở rộng tối đa phạm vi và cơ hội cho đầu tư tư nhân, nhất là tư nhân trong nước. Khuyến khích và tạo điều kiện thuận lợi cho đầu tư tư nhân vào phát triển hạ tầng, phát triển các ngành, các sản phẩm có lợi thế, tiềm năng phát triển và các vùng kinh tế động lực.
Tập trung xử lý nợ xấu
Về tái cơ cấu hệ thống tài chính - ngân hàng, trọng tâm là các tổ chức tín dụng, trong giai đoạn 2013 - 2015, sẽ tập trung lành mạnh hóa tình trạng tài chính của các tổ chức tín dụng, trước hết tập trung xử lý nợ xấu của cả hệ thống các tổ chức tín dụng và từng tổ chức tín dụng, tập trung phát triển các hoạt động kinh doanh chính, bảo đảm khả năng thanh toán, chi trả và phát triển ổn định, bền vững, tập trung xử lý tình trạng sở hữu chéo và tăng tính minh bạch trong hoạt động của các tổ chức tín dụng.
Bên cạnh đó, cơ cấu lại căn bản, triệt để và toàn diện hệ thống các tổ chức tín dụng để đến năm 2020 phát triển được hệ thống các tổ chức tín dụng đa năng theo hướng hiện đại, hoạt động an toàn, hiệu quả vững chắc với cấu trúc đa dạng về sử hữu, quy mô và loại hình,...
Không để xảy ra đổ vỡ và mất an toàn hoạt động tín dụng, ngân hàng; đảm bảo chi trả đầy đủ và kịp thời cho người gửi tiền; giảm thiểu tổn thất, chi phí xử lý những vấn đề rủi ro phát sinh của hệ thống các tổ chức tín dụng.
Rà soát, đánh giá, phân loại để có phương án xử lý thích hợp đối với các ngân hàng thương mại cổ phần, công ty tài chính, công ty cho thuê tài chính và các tổ chức tín dụng khác, tập trung trước hết vào các tổ chức tín dụng yếu kém hoặc vi  phạm nghiêm trọng quy định của pháp luật; giám sát chặt chẽ quá trình xây dựng và triển khai thực hiện phương án tái cơ cấu đã được phê duyệt tại các tổ chức tín dụng.
Phân loại, sắp xếp lại các doanh nghiệp nhà nước
Về tái cơ cấu doanh nghiệp, trọng tâm là các tập đoàn, tổng công ty nhà nước, sẽ thực hiện phân loại, sắp xếp lại các doanh nghiệp nhà nước, tập trung vào các lĩnh vực chính gồm công nghiệp quốc phòng, các ngành, lĩnh vực công nghiệp độc quyền tự nhiên hoặc cung cấp hàng hóa, dịch vụ thiết yếu và một số ngành công nghiệp nền tảng, công nghệ cao có sức lan tỏa lớn; đẩy mạnh cổ phần hóa, đa dạng hóa sở hữu các doanh nghiệp nhà nước mà Nhà nước không cần nắm giữ 100% sở hữu.
Đối với từng tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước, thực hiện cơ cấu lại danh mục đầu tư và ngành nghề kinh doanh, tập trung vào các ngành nghề kinh doanh chính; đẩy nhanh thực hiện theo nguyên tắc thị trường việc thoái vốn nhà nước đã đầu tư vào các ngành không phải kinh doanh chính hoặc không trực tiếp liên quan đến ngành kinh doanh chính và vốn nhà nước ở các công ty cổ phần mà Nhà nước không cần nắm giữ cổ phần chi phối.
Thực hiện nghiêm pháp luật, kỷ cương hành chính nhà nước và kỷ luật thị trường, đổi mới hệ thống đòn bẩy khuyến khích bảo đảm doanh nghiệp nhà nước hoạt động theo cơ chế thị trường và cạnh tranh bình đẳng như các doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế khác.
Tiếp tục đẩy mạnh tái cơ cấu, nâng cao chất lượng, hiệu quả, năng lực cạnh tranh của các doanh nghiệp tư nhân; khuyến khích hình thành và phát triển các tập đoàn kinh tế tư nhân có tiềm lực mạnh, có khả năng cạnh tranh trên thị trường trong và ngoài nước.
Thủ tướng yêu cầu các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm khẩn trương xây dựng và triển khai ngay trong nửa đầu năm 2013 Chương trình hành động tái cơ cấu theo lĩnh vực, ngành hoặc vùng lãnh thổ thuộc thẩm quyền quản lý nhà nước được giao.