Tại đối thoại, hai bên đã trao đổi những vấn đề còn khác biệt trong quan hệ hai nước. Theo thượng tướng Mã Hiểu Thiên, hiện nay điểm bất đồng và nhạy cảm nhất trong quan hệ hai nước là tranh chấp chủ quyền ở biển Đông, hai nước cần xử lý thỏa đáng vấn đề này vì đại cục quan hệ Việt - Trung và ổn định khu vực.

Trung tướng Nguyễn Chí Vịnh nêu rõ vấn đề biển Đông có ba khía cạnh khác nhau nhưng liên quan mật thiết, đó là Tuyên bố chủ quyền của các nước liên quan; Xử lý mối quan hệ giữa Việt Nam - Trung Quốc; Xử lý trên các diễn đàn đa phương. Việt Nam và Trung Quốc có nhiều tuyên bố chủ quyền vào nhiều thời điểm, nội dung và phạm vi khác nhau. Giải quyết vấn đề phải tôn trọng lịch sử nhưng dù thế nào đi chăng nữa cũng phải tuân thủ luật pháp quốc tế. Những tranh chấp chủ quyền giữa Việt Nam và Trung Quốc, rõ ràng cần giải quyết hai nước với nhau, theo luật pháp quốc tế và công khai minh bạch.

Trung tướng Nguyễn Chí Vịnh cũng chia sẻ, để bảo vệ và xây dựng đất nước chỉ có một con đường là giữ gìn độc lập tự chủ, chủ quyền lãnh thổ và quan hệ tốt với cộng đồng thế giới, không thể có những điều đó nếu dựa vào nước này để chống nước kia. Trung tướng Nguyễn Chí Vịnh nhấn mạnh: “Một thực tế hiển nhiên là Trung Quốc cam kết không lấy đất, lấy biển của Việt Nam, và Việt Nam cũng không bao giờ nhượng bộ vô nguyên tắc về chủ quyền”. Ở những khu vực thực sự có tranh chấp theo luật pháp quốc tế quy định, và về lâu dài sẽ tìm giải pháp xử lý mà hai bên có thể chấp nhận được, nhưng “trong lúc chưa phân định được, hai bên tuyệt đối không được sử dụng vũ lực và thậm chí cũng không được nghĩ đến việc sử dụng vũ lực”, trung tướng Nguyễn Chí Vịnh nhấn mạnh.