Theo đó, UBND thị xã Hương Trà có 12 cơ quan chuyên môn trực thuộc, bao gồm: (1) Phòng Nội vụ: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước các lĩnh vực: tổ chức; biên chế các cơ quan hành chính, sự nghiệp nhà nước; cải cách hành chính; chính quyền địa phương; địa giới hành chính; cán bộ, công chức, viên chức nhà nước; cán bộ, công chức xã, phường, thị trấn; hội, tổ chức phi chính phủ; văn thư, lưu trữ nhà nước; tôn giáo; thi đua - khen thưởng. (2) Phòng Tư pháp: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật; kiểm tra, xử lý văn bản quy phạm pháp luật; phổ biến, giáo dục pháp luật; thi hành án dân sự; chứng thực; hộ tịch; trợ giúp pháp lý; hoà giải ở cơ sở và các công tác tư pháp khác. (3) Phòng Tài chính - Kế hoạch: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: tài chính, tài sản; kế hoạch và đầu tư; đăng ký kinh doanh; tổng hợp, thống nhất quản lý về kinh tế hợp tác xã, kinh tế tập thể, kinh tế tư nhân. (4) Phòng Tài nguyên và Môi trường: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: tài nguyên đất; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản; môi trường; khí tượng, thuỷ văn; đo đạc, bản đồ và biển. (5) Phòng Lao động - Thương binh và Xã hội: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: lao động; việc làm; dạy nghề; tiền lương; tiền công; bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp; an toàn lao động; người có công; bảo trợ xã hội; bảo vệ và chăm sóc trẻ em; phòng, chống tệ nạn xã hội; bình đẳng giới. (6) Phòng Văn hoá và Thông tin: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: văn hoá; gia đình; thể dục, thể thao; du lịch; bưu chính, viễn thông và Internet; công nghệ thông tin, hạ tầng thông tin; báo chí; xuất bản. (7) Phòng Giáo dục và Đào tạo: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực giáo dục và đào tạo, bao gồm: mục tiêu, chương trình và nội dung giáo dục và đào tạo; tiêu chuẩn nhà giáo và tiêu chuẩn cán bộ quản lý giáo dục; tiêu chuẩn cơ sở vật chất, thiết bị trường học và đồ chơi trẻ em; quy chế thi cử và cấp văn bằng, chứng chỉ; bảo đảm chất lượng giáo dục và đào tạo. (8) Phòng Y tế: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân, gồm: y tế cơ sở; y tế dự phòng; khám, chữa bệnh, phục hồi chức năng; y dược cổ truyền; thuốc phòng bệnh, chữa bệnh cho người; mỹ phẩm; vệ sinh an toàn thực phẩm; bảo hiểm y tế; trang thiết bị y tế; dân số. (9) Thanh tra huyện: Tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo trong phạm vi quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân thị xã; thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn thanh tra giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật. (10) Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân: Tham mưu tổng hợp cho Ủy ban nhân dân về hoạt động của Ủy ban nhân dân; tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã về công tác dân tộc; tham mưu cho Chủ tịch Ủy ban nhân dân về chỉ đạo, điều hành của Chủ tịch Ủy ban nhân dân; cung cấp thông tin phục vụ quản lý và hoạt động của Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân và các cơ quan nhà nước ở địa phương; đảm bảo cơ sở vật chất, kỹ thuật cho hoạt động của Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân. ( 11) Phòng Quản lý đô thị: Thành lập Phòng Quản lý đô thị trên cơ sở Phòng Công Thương; chuyển chức năng quản lý nhà nước và tổ chức về công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp, thương mại vào Phòng Kinh tế. Phòng Quảng lý đô thị sẽ tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về kiến trúc; quy hoạch xây dựng; phát triển đô thị; nhà ở và công sở; vật liệu xây dựng; giao thông; hạ tầng kỹ thuật đô thị (gồm: cấp, thoát nước; vệ sinh môi trường đô thị; công viên, cây xanh; chiếu sáng; rác thải; bến, bãi đỗ xe đô thị). (12) Phòng Kinh tế: Thành lập Phòng Kinh tế trên cơ sở Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; tiếp nhận chức năng quản lý nhà nước và tổ chức về công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp, thương mại từ Phòng Công Thương. Phòng Kinh tế tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về nông nghiệp; lâm nghiệp; thuỷ lợi; thuỷ sản; phát triển nông thôn; tiểu thủ công
Các cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân thị xã Hương Trà có tư cách pháp nhân, có khuôn dấu và tài khoản để hoạt động.